プロジェクトごとに異なる権限を付与できますか？

いいえ。プロジェクトごとに異なる権限を付与することはできません。権限はBacklogスペース単位での設定となります。

ユーザーの権限の種類と各権限でできることについて、詳しくはユーザーの権限 > 2. ユーザーの種類を参照してください。

プロジェクトごとに権限を分けたい場合は、権限ごとにヌーラボアカウントを使い分けることをご検討ください。現在ご利用のヌーラボアカウントとは異なるメールアドレスで、新しくヌーラボアカウントを作成してください。新しいヌーラボアカウントに異なる権限を付与し、該当プロジェクトに招待してください。